楼顶存水问题可以通过以下方法进行处理：
使用吸水器或抽水泵将屋顶上的积水抽干。
确保排水管畅通无阻，及时修复并更换损坏的部件。
使用环保型排水板收集雨水并迅速排放，解决房顶积水问题。
修复房顶漏雨问题，避免泥瓦和木材受潮，延长房顶使用寿命。
定期检查和维护房顶排水系统，及时发现问题并解决。
清理低洼位置后，浇灌一层沥青砂并铺上油毡，做好坡度，避免积水。
如果积水严重，去除原有防水层，彻底干燥后修补低洼部分，再重新做防水层。
将屋顶存水暴露在阳光下，利用紫外线杀菌消毒。
使用化学药剂如氯或其他消毒剂对屋顶存水进行杀菌消毒。
利用生物滤池或植物净化池装置，通过微生物降解去除水中有机物和污染物。
根据具体情况选择合适的方法进行处理，以确保楼顶存水问题得到有效解决，避免影响房屋结构和使用寿命。