当工程结算超预算时，可以采取以下措施：
承包人应首先与发包人进行充分沟通，明确超预算的具体原因。这有助于双方更好地理解问题，并找到解决问题的方法。
如果超预算是由于设计变更、材料价格上涨等合理因素导致的，双方可以通过协商调整合同价款或签订补充协议来解决。这可以确保双方权益，并明确各自的责任。
承包人可以要求发包人提供详细的结算资料和证明文件，以便核实超预算的具体金额和原因。这有助于承包人更准确地了解超预算情况，并为后续的催款或法律途径提供依据。
若发包人无故拖延结算或拒绝支付超预算部分的款项，承包人可以向发包人发出书面催款通知，要求其按照约定支付超预算部分的款项。这可以起到提醒和催促的作用。
如果发包人仍不支付超预算部分的款项，承包人可以依据相关法律法规和合同约定，采取法律途径，如向有关部门投诉、申请仲裁或提起诉讼，以维护自身合法权益。
承包人还可以向发包人的上级主管部门反映情况，请求主管部门协助解决工程价款结算问题。这有助于通过行政手段推动问题的解决。
在施工过程中，承包人可以通过合理安排施工顺序、调整施工工艺等方式来降低施工成本，并加强成本控制，确保成本控制在预算范围内。
对于设计变更、材料变更等变更问题，承包人应积极采取应对措施，及时与相关部门沟通协调，避免因变更导致成本增加。
承包人应加强与业主的沟通联系，及时了解业主的需求和意见，并尽可能满足业主的要求，以减少因沟通不畅导致的设计变更等问题。
在竣工阶段，承包人应做好结算工作，确保结算结果准确无误，避免因结算问题导致超预算。
通过以上措施，承包人可以有效应对工程结算超预算的问题，维护自身合法权益，并确保项目的顺利进行。