企业纳税的方式和流程如下：
纳税人计算出应纳税额后，向税务机关申报，经税务机关审批后，填发缴款书，并由纳税单位向银行缴纳税款。
对生产不固定、账务不健全的纳税单位，税务机关依据其生产设备、从业人员和正常条件下的生产经营情况，查定其产值的应税产品产量和销售额（或经营项目的营业额和利润额），依率计征。
对营业额和所得收入难以准确计算的个体工商户，税务机关核定一定时期的营业额和所得税附征率，实行营业税或增值税和所得税合并征收。
税务机关委托某些单位或个人代为征收税款。
企业纳税的一般流程包括：
企业自领取营业执照之日起30日内，持有关证件向当地税务机关申报办理税务登记。
企业确定办税人员，并交代相关员工按照发票管理制度购买、使用发票，建立内部发票管理制度。
企业按期如实向主管税务机关进行纳税申报，并报送相关报表和资料。一般公司的增值税、消费税等税务申报为每月一期，金融类公司为每季度一期。
企业按照规定的期限将应缴税款如期缴入国库。
企业在解散或破产时，需进行税务注销和清算。包括申请注销、缴销发票、两卡，成立清算组进行清算，并缴纳清算所得税。
企业可以通过电子方式向税务机关申报纳税，提供银行缴税账户并签署委托划款协议，税务机关通过银行划缴税款。
企业纳税的具体方法还包括：
月度缴纳：每月按照企业实际利润所计算的税费缴纳给税务局。
季度缴纳：每个季度根据企业的经营情况，按照实际利润所计算的税费缴纳给税务局。
年度汇算清缴：每年在企业年度报表编制完毕后，根据企业全年的经营情况进行清算，并缴纳相应的税费。
企业纳税的税种和税率根据企业的经济性质和经营业务确定，一般包括增值税、企业所得税、个人所得税、附加税费（如城建税、教育费附加、地方教育费附加）等。一般纳税人和小规模纳税人的税率不同，具体税率和抵扣政策也有所不同。
建议企业按时、如实进行纳税申报和缴纳税款，确保合法合规经营，避免因违反税收法规而产生不必要的罚款和损失。