办理停薪留职的流程通常包括以下几个步骤：
申请需经单位行政领导批准后，职工与单位签订“停薪留职”的协议书。
双方签订的协议书需要报企业主管部门和当地劳动人事部门备案。
特别注意事项
如果职工计划从事个体经营，必须凭协议书到当地工商行政管理部门办理登记手续。
停薪留职期间，职工原则上应按月向原单位缴纳劳动保险基金，数额通常不低于本人原标准工资的百分之二十。
停薪留职合同应包含停薪留职的期限（通常不超过3年）、期间工资和劳保福利待遇的处理、工龄计算等条款。
未经批准擅自离职可能会被视为违反劳动纪律，并受到相应的处理。
请根据具体情况，按照上述流程办理停薪留职手续。