月薪9000元在扣除个人所得税起征点5000元后，剩余4000元需要缴纳个人所得税。根据2024年最新的个人所得税税率表，4000元属于超过1500元至4500元的部分，应缴纳10%的税率。因此，个人所得税为4000元乘以10%，即400元。
建议在实际申报个人所得税时，可以咨询当地税务部门或使用相关手机APP，以确保准确计算和申报税额。
