食品超市需要办理的手续包括：
营业执照是企业或组织合法经营权的凭证，需向当地工商局申请办理。办理时需要提供经营者的身份证原件及复印件、经营场所使用证明（如铺面租赁合同）以及其他文件。
食品流通许可证是对食品流通许可证的发放、发放条件、发放程序以及与食品卫生许可证的衔接等问题予以明确。需要向工商部门申请，并提供食品经营相适应的主要设备设施布局、操作流程等文件。
如果超市销售某些需要生产许可证的商品（如奶制品），则需要提供生产厂家的营业执照及生产许可证。
在取得工商营业执照和食品经营许可证后，需要到当地税务局进行税务登记，申请领取税务登记证。
提供食品流通许可证后，需要定期（6-12个月一次）提供由市级以上单位出具的年度检验报告。
如果超市涉及食品销售，包括生鲜、熟食、新鲜烘焙等，需要相关人员办理健康证。
如果超市计划销售香烟类商品，则需要办理烟草零售经营许可证，并且需要携带《名称预先核准通知书》的原件和复印件去当地烟草公司办理相关手续。
在办理食品流通许可证和营业执照前，需要先进行名称预先核准，并取得《名称预先核准通知书》。
根据当地的规定，可能还需要申请其他证件，比如环保审批、消防审批等。
以上是食品超市需要办理的主要手续，具体流程和所需材料可能因地区和政策的不同而有所差异，建议在办理前详细咨询当地工商、税务、卫生和烟草等相关部门。